Ngày xưa chùa xây trên khu rừng thông cổ nên còn có tên Linh Thông cổ tự. Không ai biết chùa có từ năm nào nhưng theo bia ký còn lưu giữ, chùa được xây lại từ năm 1680 (thời Hậu Lê).
Một góc cổng Tam quan - Ký họa của Nguyễn Bùi Phương Chi, sinh viên Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội
Một cổng vào nhỏ trong chùa - Ký họa của NTK Lê Quang Khánh
Cổng hậu trong khuôn viên chùa Nôm - Ký họa của Nguyễn Bùi Phương Chi, sinh viên Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội
Bắc qua khúc sông Nguyệt Đức, dẫn vào chùa Nôm là cây cầu đá đầu rồng với 9 nhịp có từ 200 năm trước. Dưới bóng cây cổ thụ là cổng tam quan bằng gỗ lim lớn nhất VN có 2 tầng, 8 mái (lợp ngói vảy cá). Qua cổng tam quan là lầu Chuông, lầu Trống nằm hai bên, rồi đến tòa Tam bảo, nhà Mẫu, nhà Tổ. Theo Cục Di sản văn hóa, Tam bảo chùa có bố cục mặt bằng kiểu "nội đinh ngoại quốc" (*) gồm Tiền đường, Thượng điện, hai dãy hành lang. Ngoài ra, tại chùa còn có khu mộ tháp cổ bằng đá ong đặc trưng kiến trúc tháp Việt thế kỷ 18.
Gian thờ thủy tạ, thờ Phật bà Quan âm - Ký họa của KTS Thắng Ngô
Lầu Quan âm (nhìn từ cổng hậu) được xây mới sau này gây khá nhiều tranh cãi - Ký họa của họa sĩ Đặng Viết Lộc
Di tích cấp quốc gia chùa Nôm có hơn 100 pho tượng Phật, La Hán, Tam thánh, Thập điện Diêm Vương… bằng đất sét, kích thước từ bằng nắm tay đến cao 3 m, trang phục tinh tế, gương mặt biểu cảm sinh động, thuần Việt. Theo các nhà khoa học, những bức tượng này được làm khoảng thế kỷ 18. Trải qua hàng trăm năm, hàng chục trận lụt lớn đến nóc, lở tường, trôi cả mái chùa, ngâm trong nước lũ nhưng những pho tượng đất vẫn nguyên vẹn ngay cả lớp sơn phủ mà không bị rã ra. Phân tích từ các mảnh vỡ cho thấy tượng được nặn từ đất sét (đã lọc tạp chất) trộn với mật mía, vôi tôi, giấy bản (làm từ vỏ cây) nghiền nhỏ, sau đó quét lớp sơn ta bên ngoài.
Một góc chùa Nôm - Ký hoạ của họa sĩ Trần Bình Minh
Lư hương tháp cửu phẩm - Ký họa của Ly Đặng
Chùa hiện tại đã được xây mới nhiều hạng mục như: cổng tam quan, khu tiền đường, lầu Quan Âm…
(*): Nội đinh: nhìn từ trên cao tiền đường và thượng điện hợp lại tạo thành hình chữ "Đinh" (丁). Ngoại quốc: dãy hành lang hai bên tạo thành khuôn viên khép kín, hình chữ "Quốc" 国
Một góc chùa Nôm - Ký họa của KTS Trần Xuân Hồng
Dãy hành lang là nơi đặt tượng Bát bộ Kim Cương, Tứ vị Bồ Tát, 18 vị La Hán... - Ký họa của Ngô Quốc Thuận, sinh viên Trường ĐH Nguyễn Tất Thành
