Khốn nạn có nguồn gốc từ chữ 困难 trong Hán ngữ. Do chữ 难 có thể phiên là nan hoặc nạn nên ta thấy xuất hiện cả hai cách viết: khốn nan và khốn nạn, song trong tiếng Việt từ khốn nạn phổ biến hơn.
Khốn (困) là ký tự xuất hiện trong các bản Giáp cốt văn thời nhà Thương, nghĩa gốc là "cái chốt gỗ chặn cửa", sau đó đổi thành cách viết khốn (梱: chốt cửa, ngưỡng cửa), rồi cuối cùng trở thành khốn, viết phồn thể là 睏, giản thể là 困 - (Tự nguyên của Lý Học Cần, Thiên Tân cổ tịch xuất bản xã, 2012). Nhìn chung, khốn là từ đa nghĩa, trong đó nghĩa chủ yếu là "khốn khổ, khốn cùng, khó khăn, nghèo đói".
Nạn (难) là ký tự viết theo lối Kim văn vào cuối thời Tây Chu. Theo cách viết ngày nay, ký tự nạn (难) có nguồn gốc từ quyển Tiết Nhân Quý khóa hải đông chinh bạch bào ký và Binh khoa sao thư.
Nan hay nạn (难) có nghĩa gốc là "khó khăn" (Thư. Thuyết mệnh trung), chủ yếu là những khó khăn trong cuộc sống: nghèo khổ cùng cực (bần khốn), khốn cùng (khốn khổ, bần cùng) - Sử Ký. Quyển lục nhị. Quản Yến truyện; về sau mở rộng nghĩa thành "gây khó" (Tuân Tử. Phú quốc), khiến nhọc nhằn, mệt mỏi; "sợ khó" (Tả Truyện. Trang Công thập niên); rồi thành "ghê tởm, ganh tị, nguy hiểm, thảm họa" và những nghĩa khác…
Trong Hán ngữ, từ ghép khốn nạn (困难) nói về tình huống khó khăn, đầy trở ngại (Tam Quốc. Ngụy. Vương Bật) hoặc sống trong cảnh nghèo khó (Lý Song Song của Lý Chuyết/Chuẩn). Nghĩa gốc của khốn nạn là "cùng khốn, nghèo khổ", tương tự với từ bần khổ, bần cùng, khốn khổ, khốn cùng…
Ngày xưa, trong tiếng Việt, từ khốn nạn cũng có nghĩa như trong Hán ngữ, tương ứng với từ miseria trong tiếng Latin (Dictionarium Anamitico-Latinum et latino-Anamiticum primitus inceptum a Petro-Josepho Pigneaux de Behaine... của Jean Louis Taberd - 1838). Khốn nạn chính là khốn khổ đến mức thảm hại, đáng thương: "Ta thương mình lắm mình ôi - Cá chết về mồi khốn nạn đôi ta" (ca dao) hay "Thoát khỏi một đời khốn nạn, một đời trâu ngựa" (Bùn lầy nước đọng - 1959, của Hoàng Đạo, tr.18).
Ngày nay, khốn nạn trở thành thán từ tỏ nỗi thương hại, than trách bản thân: "khốn nạn thân ông" (Văn tế Ngạc Nhi của Nguyễn Khuyến); rồi dùng như tiếng chửi, chỉ kẻ hèn mạt đáng khinh: "có những kẻ khốn-nạn, muốn lợi-dụng cơ-hội, vu-hãm người khác để mong trả thù riêng" (Nguyễn Thái Học, 1902-1930 của Nhượng Tống - 1956, tr.72); "ngày đêm nguyền rủa hai thằng con khốn nạn" (Hồn oan, chuyện lạ miền Tây của Sơn Linh - 1957, tr.62)…
Tóm lại, ngày nay, từ 困难 (kùn nan) trong Hán ngữ thường được phiên là khốn nan, chỉ những khó khăn về tài chính, sức khỏe, cuộc sống và nơi chốn… Ví dụ như thành ngữ trọng trọng khốn nan (sự khó khăn chồng chất); khốn nan địa khu (nơi có điều gì đó rất tệ); khốn nan cảnh địa (hoàn cảnh khó khăn)…
Còn trong tiếng Việt, từ nghĩa "khó khăn" (Sử Ký Đại Nam Việt Quốc Triều - 1885, tr.51); "gian khổ" (Giai-nhân kỳ-ngộ, anh hùng ca - 1958, của Phan Chu Trinh, Lê Văn Siêu, LXIII), khốn nạn đã trở thành tiếng than, tiếng chửi, không còn nghĩa gốc ngày xưa.
