Thời gian gần đây, thuế nhiều địa phương như TP.HCM, Ninh Bình, Vĩnh Long liên tiếp có văn bản trả lời các vướng mắc của doanh nghiệp liên quan khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Tại công văn hồi đáp Công ty cổ phần xăng dầu Dầu khí Sài Gòn, Thuế TP.HCM cho biết, theo trình bày của doanh nghiệp, đến thời điểm thanh toán tiền mua hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng vẫn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Doanh nghiệp đã kê khai điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.
Nhiều doanh nghiệp đang gặp vướng mắc trong khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
ẢNH: NGỌC THẮNG
Sau đó, doanh nghiệp thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ đã quá thời hạn thanh toán thì công ty không được khai điều chỉnh tăng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ.
Tương tự, trả lời Công ty TNHH may YSS (Ninh Bình) về khấu trừ thuế giá trị gia tăng cho hàng hóa, dịch vụ quá hạn thanh toán, Thuế tỉnh Ninh Bình kết luận: "Trường hợp đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 5 triệu đồng trở lên mà đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, công ty không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì công ty phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng. Sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, công ty có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì công ty không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào".
Trước đó, trong công văn gửi Công ty Nhiệt điện Duyên Hải - Chi nhánh Tổng công ty Phát điện 1, về chậm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, Thuế tỉnh Vĩnh Long nêu rõ: "Theo trình bày của công ty, hàng hóa, dịch vụ của công ty mua trả chậm, đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, công ty không có chứng từ thanh toán và công ty đã kê khai điều chỉnh giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ.
Tuy nhiên, sau đó (sau thời hạn thỏa thuận trả chậm theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng), công ty có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì trường hợp này cũng không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào".
Cần xem xét tìm cách tháo gỡ hợp lý
Cơ sở quy định hiện hành được thuế các địa phương như TP.HCM, Ninh Bình, Vĩnh Long viện dẫn để đưa ra câu trả lời cho các doanh nghiệp như trên chủ yếu là điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
Theo đó, để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế giá trị gia tăng.
Để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào
ẢNH: ĐAN THANH
Trong đó, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt là chứng từ chứng minh việc thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Nghị định số 52/2024/NĐ-CP, trừ các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.
Một số trường hợp đặc thù theo quy định tại điểm b khoản 2 điều 14 luật Thuế giá trị gia tăng, bao gồm: đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 5 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.
Theo tìm hiểu, không chỉ 3 doanh nghiệp nêu trên, thực tế từ khi luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực từ 1.7 đến nay, vướng mắc trong khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào là điều khiến khá nhiều doanh nghiệp "đau đầu".
Trao đổi với Thanh Niên, ông Nguyễn Văn Thức, Chủ tịch Công ty TNHH tư vấn thuế BCTC, cho rằng ngành thuế cần xem xét lại để tìm cách tháo gỡ hợp lý, hỗ trợ doanh nghiệp.
"Nghị định 181/2025/NĐ-CP không có quy định nào khẳng định, đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, công ty không có chứng từ thanh toán và công ty đã kê khai điều chỉnh giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ, sau đó có bổ sung chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì vẫn không được khấu trừ.
Việc một số thuế địa phương diễn giải theo hướng đến hạn thanh toán thì doanh nghiệp khai bổ sung loại ra, sau đó dù có thanh toán, có chứng từ không dùng tiền mặt vẫn không được khấu trừ trở lại là vượt quá phạm vi của Nghị định 181/2025/NĐ-CP và chưa đúng với luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành. Bản chất quy định nhằm chống gian lận, không nhằm tước quyền khấu trừ vĩnh viễn của doanh nghiệp có giao dịch thật và chứng từ hợp pháp", ông Thức nhấn mạnh.
