Theo ông, "bức mật thư" này được cấu trúc thành bốn phần:
Phần 1: Nguồn gốc sinh ra kẻ tiếm ngôi
Đây là "ẩn ý" của bài đoản văn dài 34 chữ. Ở phía trên bài thơ: Thúc bá tân trung chi tân, quý tân trung chi chủ tác giả, hựu chủ trung chi chủ thác tổng giao hỗ như nhập tương dương. Thảo lư mạc biện thùy tân thùy chủ. Theo Trần Như Thổ, bài đoản văn này khẳng định Hồng Nhậm (em) đang ngồi ngôi trên (ngai vàng) là khách (vì không thuộc dòng máu Nguyễn Phúc tộc). Còn người đang ở hàng dưới là Hồng Bảo (anh), trưởng nam của vua Thiệu Trị, mới là người chủ đích thực của triều đình. Ông viết: Trong hai anh em, người ngồi trên là khách; ấy vì người khách nhỏ được chủ "nhấc lên"; lại do người chủ ấy ở bên trong cố ý lộn chồng, đắp đổi qua lại cuộc chơi vào cõi sướng thích với đàn ông. Quý vị phân tích ai là khách, ai là chủ?

Lối vào Khương Ninh Các - Phước Thọ Am
Ảnh: Trần Đức Anh Sơn
Nội dung bài đoản văn đề cập ba sự việc: [1] Việc phế Hồng Bảo (anh) để "nhấc" Hồng Nhậm (em) lên làm vua; [2] Về người mẹ sinh ra Hồng Nhậm (bà Phạm Thị Hằng) đã có quan hệ bất chính với Trương Đăng Quế, người được vua Minh Mạng cho ra vào cung dễ dàng để dạy học cho các hoàng tử; [3] Căn cứ vào thời gian xảy ra chuyện quan hệ bất chính ấy, so với ngày sinh của Hồng Nhậm, đã cho rằng Hồng Nhậm không thuộc dòng máu Nguyễn Phúc tộc.
Phần 2: Thế lực, ảnh hưởng của nhóm tiếm quyền và kế sách giải quyết nhóm này
Vấn đề này được gửi gắm trong bài thơ Tống Trần Như Khuê kiêm ký bá thị Đông Sơn Doãn Lương Ngọc. Trần Như Thổ đã dựa vào cách dụng từ của Miên Thẩm, như: dùng từ đồng âm để diễn đạt nghĩa ẩn; tách một chữ thành nhiều chữ hoặc ghép nhiều chữ thành một chữ để tạo nghĩa mới; thay đổi cách đọc đối với những chữ có nhiều cách đọc để hiểu theo ý khác… để giải mã các "ẩn ý" đằng sau nội dung "công khai" của bài thơ được dịch:

Bài thơ Tống Trần Như Khuê kiêm ký bá thị Đông Sơn Doãn Lương Ngọc in trong Thương Sơn thi tập
Có ba đứa giả quấn vào nhau. Mẹ thằng con cũng nắm quyền cao. Ngôi rồng qua anh, em đảo đoạt. Uy danh thằng nhỏ chẳng còn đâu!
Thịt khô kia lên chống giữ ngôi. Tướng với quân đều sẽ hết thời! Đời giận ứ đầy vui chi nữa. Mau kéo quân về trị chúng thôi.
Ông anh theo biển ra quân trước. Thứ đến trong này tiếp chân bước; Vây cung đình trướng ma treo cửa. Xử chết, đừng cho chúng kịp thoát!
Phần 3: Tội trạng của kẻ chủ mưu đã từng bị xét xử
Bằng việc giải mã cách dụng từ của Miên Thẩm, Trần Như Thổ diễn giải như sau: "Có một ngôi nhà Phật, mặt sau có treo biển ngạch. Ngôi nhà này nằm cách bức bình phong ở cổng Bắc khoảng mươi bước, chiếc cổng này thông với lối vào sau chùa. Trên ngôi nhà Phật ấy có một người nữ kính dâng cho ông anh xuất thân từ dân dã nhưng đang có danh vị ngọn đồi nhỏ của mình".
Theo Trần Như Thổ, lợi dụng việc theo hầu Thuận Thiên Cao hoàng hậu (mẹ vua Minh Mạng) sang Khương Ninh Các lễ Phật, cung nữ Phạm Thị Hằng, là thiếp của thái tử Miên Tông, đã "dan díu" với Trương Đăng Quế trong gian nhà phía sau tầng hai Khương Ninh Các (nơi sau này là Phước Thọ Am). Vụ việc này có người phát giác. Vì thế, triều đình Minh Mạng đã mở cuộc xét xử. Tuy nhiên hoàng gia đã xét xử không triệt để, là vì vua Minh Mạng không muốn làm thương tổn uy danh của mẹ mình. Bởi chính Thuận Thiên Cao hoàng hậu đã chọn Phạm Thị Hằng vào cung làm thiếp cho Miên Tông, lại thường cho Phạm Thị Hằng theo hầu mỗi khi bà sang Khương Ninh Các lễ Phật. Do bà giám sát Phạm Thị Hằng không nghiêm nên mới xảy ra cớ sự trên. Ngoài ra, lúc này thái tử Miên Tông đã có con trai đầu lòng là Hồng Bảo, người được Minh Mạng kỳ vọng sẽ kế vị Miên Tông sau này. Vì thế, có lẽ vua Minh Mạng nghĩ rằng việc Trương Đăng Quế "dan díu" với vợ bé của Miên Tông, nếu sau này có "sinh sự", thì cũng không thể ảnh hưởng đến ngai vàng của dòng họ Nguyễn.
Phần 4: Nội công ngoại kích diệt trừ đầu sỏ, phế kẻ tiếm ngôi, lập vị vua thứ năm
Đây là giải pháp mà Miên Thẩm đưa ra trong "bức mật thư", thông qua 12 chữ ở phía trên, bên trái trang văn: Chu tể lam vân dật thủ. Thỏa hiệp cực vị nan đắc và 4 chữ: Nhất tác bất cố ở phần đầu dòng cuối của bài dẫn. Trần Như Thổ dịch 16 chữ này là: "Chung lòng hợp sức dẹp tan, sạch đầu óc dâm dật chướng khí đầy rẫy. Chỉ làm tới, không bàn lui, giúp tột mức cho đạt việc khó khăn ấy".
Do Miên Thẩm không được triều Nguyễn trao quyền lực, nên ông phải gửi "mật thư" đề nghị tướng quân Doãn Lương Ngọc giúp làm việc này. Điều này thể hiện trong 38 chữ ở cuối bức "mật thư", được Trần Như Thổ diễn dịch là: "Xẻ thịt, róc xương vượt qua lẽ thường là biết cách xử trí cao. Cầm chắc đại nghĩa Đất Nước, ung dung tiếp bước Gió Lửa…" (Trần Như Thổ, sách đã dẫn, tr. 71-72).
Câu cuối cùng "Thủy tri thành Phật tiến [tiên] linh. Vận khứ tiết trúc thiên Ngũ", Trần Như Thổ áp dụng thuật chiết tự để giải mã 3 chữ: Vận tức tiếu, rồi kết hợp với chữ ngũ ở cuối trang văn, thành một đôi câu đối hoàn chỉnh, có nghĩa như sau: "Biết trước việc đã định, giác ngộ mọi người lẹ tay làm trước. Thời vận nay đã đến lúc, mệnh trời thuận, lập ngôi vua thứ năm" (Trần Như Thổ, sách đã dẫn, tr. 75).
Như vậy, theo Trần Như Thổ thì toàn văn "bức mật thư" đã được giải mã. Và từ việc giải mã này, nghi vấn "Vua Tự Đức là con của ai?" phần nào cũng đã được ông tìm ra trả lời.
(Trích từ sách Huế - triều Nguyễn một cái nhìn của nhà nghiên cứu Trần Đức Anh Sơn, do NXB Thế Giới ấn hành)