Theo các tư liệu cũ, Tòa thánh được xây mô phỏng theo cõi thiên đình nhưng không có bản vẽ kiến trúc chi tiết. Từ tổng thể đến trang trí của công trình đều do đức hộ pháp Phạm Công Tắc có được thông qua đàn cơ (một phương pháp giao tiếp với thế giới tâm linh để nhận thông điệp từ cõi trên).

Tòa thánh mang hình dáng con long mã đang cúi đầu - ký họa của KTS Bùi Hoàng Bảo
Trong văn hóa Á Đông, long mã là linh vật đầu rồng mình ngựa tượng trưng cho điều tốt lành, sự thông tuệ. Nhìn từ xa, Tòa thánh mang hình dáng con long mã đang cúi đầu (Long mã bái sư). Mái của Tòa thánh cũng có tượng Long mã mang hà đồ (là biểu đồ hình thành nên Bát quái, dùng để giải thích các quy luật vũ trụ) chạy từ hướng đông sang tây (ngụ ý tôn giáo phát triển từ phương Đông sang phương Tây). Tượng này ghép từ hàng ngàn mảnh sành, sứ.

Khu vực linh thiêng nhất của Tòa thánh đặt quả cầu Càn khôn tượng trưng cho vũ trụ - ký họa của KTS Linh Hoàng
Bên trong Tòa thánh thiết kế như hành trình từ thế giới hữu hình đến cõi thiêng. Ngay cửa vào là Hiệp Thiên Đài - nơi kết nối với thế giới tâm linh. Chánh điện là Cửu Trùng Đài - nơi hành lễ với 9 bậc cao dần từ ngoài vào trong (tương ứng với phẩm cấp trong hệ thống chức sắc và tín đồ). Bát Quái Đài là khu vực linh thiêng nhất. Thay thế cho các tượng thờ truyền thống là một quả cầu Càn khôn tượng trưng cho vũ trụ.
Một góc Tòa thánh - ký họa của họa sĩ Trần Bình Minh
Trong đạo Cao Đài, 9 là con số thiêng liêng, vì thế nhiều phần của công trình xây theo bội số của 9. Cụ thể, công trình rộng 27 m (3 x 9), dài 135 m (15 x 9); cửa chính với tam đài cao 36 m (4 x 9), Hiệp thiên đài (2 lầu chuông và trống) cao 27 m (3 x 9); 18 cột rồng trong chánh điện (2 x 9)…
Công trình được cho là xây trên 6 mạch nước ngầm tụ về như một cách bảo vệ “long mạch”, đem lại sự bình yên - ký họa của KTS Trần Xuân Hồng
Cổng chính (chánh môn) chỉ mở khi có dịp đặc biệt - ký họa của KTS Trần Xuân Hồng
(*): Do người Việt sáng lập năm 1926, đạo Cao Đài có biểu tượng là hình con mắt nằm trong hình tam giác (Thiên Nhãn, tượng trưng cho Thượng đế). Đạo Cao Đài còn thờ nhiều Đấng của nhiều đạo khác nhau như: Chúa Jesus, Phật Thích Ca, Khổng Tử, Lão Tử… Hiện đạo Cao Đài có khoảng 3 triệu tín đồ, chủ yếu ở VN.